小平复出后迎来了改革开放，高校迎来的春天。南京大学一位教师的一篇文章引发了实践是检验真理的唯一标准的大讨论，中在的传人南京开始为人所知。中科大文革南迁至合肥是一历史败笔，但八十年代初招成少年班又使之闻名全国。上海交大、西安交大因其悲惨命运受到中央同情，在七五、八五期间与北大、清华、复旦共同成为国家重点建设的五所高校之一。中央的传人南大、以及浙大(曾隶属中科院)则继续被历史遗忘记，但始终自强不息，最终于九十年再度崛起。在八十年代，最好的大学仍是北大、清华、复旦、中科大四所，其它如南开、上交、西交、同济、人大、南大则相差不多。
进入九十年代，南大、浙大的崛起使高校格局大乱，特别是南大SCI论文超过北大、清华连续六年位居全国高校之冠。复旦、科大则开始衰退。西交由于地理位置大差、上交由于地理位置太好停滞不前。北大由于种种原因，也不再鹤立鸡群。清华踏实肯干，势头强劲。此外华中理工、东南、天大、哈工大等校发展也很快。南开、同济、武大、中山、吉大等老牌学校浙失光彩。清华、北大、复旦、南大、上交、浙大、西交七所教委所属高校率先进入211工程，再加上中科院所属中科大，共八所成211工程重点建设的大学。211工程一定程度促进了各校的竞争，也一定程度互助攀比，最终成了半拉子工程。
各校都忙着合并为巨无霸大学，新浙大已经组建，成为全国规模最大、门类最全的大学，南开、天大将合并，武大、华中合并可能已经泡汤，北大将并北医、北航，清华将并美院、协和，复旦并二医、财大和二外，上交并上医、上农，天大大乱，谁能在乱中取胜还未可知。最近北大、清华、复旦、上交、西交、南大、浙大教育七所和中科院属中科大，以及国防科工委属哈工大已经进入冲击世界知名大学九所，还有一所据说是留给南开和天大合并后的大学。清华、北大18亿，复旦、上交、南大、浙大各12亿，西交、科大、哈工各9亿。不知是否会再成为一个211工程，只能看21世纪。
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